Tal como a organização-mãe, Enda Santé desenvolveu muito cedo uma relação de confiança com as organizações comunitárias, tendo como pilares o respeito e a valorização dos seus conhecimentos e know-how.
Esta parceria histórica e duradoura é tanto mais sólida quanto procura constantemente reforçar a sua capacidade e apoiar as suas actividades de expansão.
Neste sentido, a Enda Santé está empenhada em reforçar as capacidades organizacionais e técnicas dos seus parceiros. Assim, as áreas alvo são o reforço organizacional e o desenvolvimento institucional, a gestão administrativa e financeira e as áreas técnicas, de acordo com o programa.
Este reforço contribui para a capacitação dos actores, mas também responde à preocupação pela sustentabilidade das intervenções. Consequentemente, a abordagem da Enda Santé baseia-se frequentemente em "Fazer" para a implementação de programas.
Em 2006, o programa desenvolvido com grupos vulneráveis receberá o "Red Ribbon Award" para os 25 melhores projectos comunitários do mundo.
Actualmente, a ENDA Santé identifica-se como uma organização da sociedade civil de base comunitária e está a reforçar a sua capacidade de descentralizar as suas intervenções a fim de melhor combater a SIDA, a malária e investir na Saúde Reprodutiva, Equidade, Género e Direitos Humanos.
Como a saúde é uma competência transferida, é importante promover mecanismos indígenas para a gestão da saúde comunitária pelo próprio povo.